Eén van de kenmerken van reformatorische kerken is dat de gemeenteleden bepalen welke personen de gemeente besturen. Hiervoor kent onze gemeente twee stemmingsmomenten:

1. De zesjaarlijkse stemming. Tijdens deze stemming wordt bepaald op welke wijze de kerkenraadsleden worden verkozen. In onze gemeente gaat dat nu als volgt: de kerkenraad stelt na kennisneming van de ingediende namen de dubbeltallen voor verkiezing vast. Aansluitend worden door de gemeente uit de dubbeltallen ambtsdragers verkozen. De zesjaarlijkse stemming zal uiterlijk in september 2010 opnieuw moeten plaatshebben.
2. Ambtsdragersverkiezingen. Een kerkenraadslid wordt gekozen voor een periode van vier jaar en is aansluitend eenmaal herkiesbaar voor een periode van weer vier jaar. Iedere twee jaar hebben er in het najaar kerkenraadsverkiezingen plaats, waarbij een deel van de kerkenraad wordt gekozen of herkozen. Omdat er soms kerkenraadsleden vertrekken voordat zij hun vier jaar hebben uitgediend, kunnen er tussentijdse verkiezingen gehouden worden.

Stemgerechtigd zijn de belijdende leden van de Eben-Haëzerkerk die als zodanig geregistreerd staan. De stemming heeft plaats tijdens een avondvergadering waarbij met volmacht gestemd kan worden. De volmachten (maximaal twee) moeten schriftelijk ingediend en ondertekend worden en van tevoren aan de kerkenraad getoond. Alleen stemgerechtigde leden kunnen gevolmachtigde stemmen uitbrengen.

Behalve in bovengenoemde stemmingsmomenten kan de gemeente ook in andere belangrijke zaken gekend en gehoord worden. Bijvoorbeeld in het toelaten van doopleden tot het Heilig Avondmaal, in de aanduiding en de naam van de gemeente, in de plaats van samenkomst en in ingrijpende zaken aangaande het kerkgebouw.