De leiding van de Eben-Haëzerkerk berust bij de kerkenraad. Deze telt momenteel elf ouderlingen, onder wie twee jeugdouderlingen,vier ouderlingen-kerkrentmeester en vier diakenen. Aan hen is de zorg voor de bediening van het Woord en de sacramenten toevertrouwd. Daarnaast is de kerkenraad verantwoordelijk voor de pastorale zorg van de leden die behoren tot de wijkgemeente, ziet hij toe op de belijdenis en de levenswandel van de leden, draagt hij zorg voor de catechese, voor geestelijke toerusting en voor het afleggen van de openbare belijdenis van het geloof. Door en vanuit de kerkenraad wordt een moderamen gekozen dat belast is met het voorbereiden van vergaderingen en het afhandelen van zaken van formele en administratieve aard. Het moderamen bestaat uit: beide predikanten, de scriba, een diaken, een ouderling en een ouderling-kerkrentmeester.

In dit “zakelijk” bestuur van de Eben-Haëzerkerk spelen twee kerkordelijk verplichte documenten een belangrijke rol:

1. De plaatselijke regeling ten behoeve van het leven en werken van de Eben-Haëzerkerk. Zoals de naam al aangeeft, staan hierin de regels en procedures rond de organisatie van de gemeente. In dit document is ook de verklaring opgenomen dat de Eben-Haëzergemeente zich als hervormde gemeente binnen de PKN gebonden weet aan de gereformeerde belijdenisgeschriften en dat ze met Gods hulp alles zal weerspreken en weren wat met dit belijden in strijd is.
2. Beleidsplan. Dit document wil aan het handelen van de gemeente richting geven. Het bevat beleidspunten met betrekking tot de geestelijke opbouw van de gemeenteleden en de uitbreiding van het koninkrijk van God. Dit beleidsplan wordt opgesteld door de kerkenraad en geldt vier jaar.